Novità importanti nel piano di riordino del trasporto pubblico che sarà operato in due fasi, insieme alla messa in esercizio delle nuove linee tranviarie.

Le linee interessate alle modifiche sono 45 (su un totale di 94), di cui 27 dopo la partenza della linea 3 della tramvia. A queste se ne aggiungeranno altre 18 quando sarà messa in esercizio la linea 2 della tramvia. Queste le principali modifiche:

Linee Ataf modificate alla messa in esercizio della Linea 3
La linea 14 sarà interrotta all’altezza della stazione SMN, manterrà il collegamento con Girone e non raggiungerà più Careggi.
Le linee 28 e 2, che collegano la zona centrale di Firenze con Sesto e Calenzano, saranno intensificate ed attestate a Piazza Dalmazia all’altezza della fermata del tram.
La linea 8 effettuerà un nuovo percorso: Nave a Rovezzano-Strozzi per l’interscambio con la tramvia.
La linea 23 vedrà soppressa la diramazione per la Nave a Rovezzano, mentre sarà mantenuta quella per Sorgane (23 A) e istituita una nuova per Bagno a Ripoli–Croce a Varliano (23 B).
Le linee 31 e 32 prevedono un incremento di servizio, il 32 in direzione dell'Ospedale Santa Maria Annunziata. Per la linea 33 si realizzerà il nuovo collegamento Rifredi Fs Vasco De Gama – Morgagni tramvia con due diramazioni, la A per il Meyer e la B per  via Niccolò da Tolentino.
La linea 4 sarà soppressa e verrà sostituita con la linea 55, con collegamento tramvia Cascine-Puccini-tramvia Novoli-tramvia Statuto Fs-Poggetto.

Linee Ataf modificate alla messa in esercizio della Linea 2
La linea 29, non collegherà più l’area dell’Osmannoro con il centro di Firenze, ma diventerà una linea trasversale che metterà in comunicazione l’Osmannoro e la stazione ferroviaria di Rifredi incrociando la linea 2 tramvia a Novoli.
La linea 30 incrocerà la linea 2 tramvia su via di Novoli (Palazzi Rossi) e la linea 1 alla Leopolda.
La linea 7 raggiungerà l’area della stazione SMN attestandosi su largo Alinari
La linea 57 sarà estesa fino a Calenzano.
La linea 59 (Polo scientifico di Sesto) rimarrà il collegamento con Rifredi Fs (lato Vasco de Gama) e sarà prolungata fino a via Santo Stefano in Pane per l’interscambio con la tramvia e il nuovo collegamento con il Polo universitario di viale Morgagni.
Le linee 31 e 32 saranno prolungate  fino a viale Strozzi, lato Piazzale Montelungo, con transito da viale Lavagnini-viale Strozzi.
Sarà istituita una nuova linea 16 circolare fra piazza Leopoldo-piazza di San Jacopino-piazza Puccini, con transito da via Maragliano collegata alla linea 2 del tram.